The authors have developeda software package "BruijnViz" intended for researching properties of unlimited word chains. All the subwords of lengthn taken from a symbol sequence are depicted on de Bruijn graph. The graph of subwords is named the graph-portrait of the sequence.The set of the graph-portraits of a word chain constructed for n = 1, 2, 3, ... characterizes the chain: its periodicity, lengthand number of repetitions of subwords, variety of subwords, their structure, etc. The package represents each graph-portrait of aword chain during its growth. The graph-portraits of many known mathematical chains and of the word chains originated in differentapplications are presented in the paper
Download file
Counter downloads: 131
- Title A TOOLKIT FOR GRAPHICAL ANALYSIS OF WORD CHAINS
- Headline A TOOLKIT FOR GRAPHICAL ANALYSIS OF WORD CHAINS
- Publesher
Tomsk State University - Issue Prikladnaya Diskretnaya Matematika - Applied Discrete Mathematics 1(1)
- Date:
- DOI
Keywords
граф де Брёйна , граф подслое , символьная последовательность , сложность , визуализация графа Authors
References
Евдокимов А.А., Левин А.А. Методы визуализации графов подслов символьных последовательностей // Вычислительные технологии. 2003. Т. 8. С. 5 - 11.
Евдокимов А.А. Кодирование структурированной информации и вложения дискретных пространств // Дискрет. анализ и исслед. операций. Сер. 1. 2000. Т. 7. № 4. С. 48 - 58.
Евдокимов А.А. Анализ, сложность и реконструкция символьных последовательностей // Вестник ТГУ. Приложение. 2005. №14. С. 4-12.
Евдокимов А.А. Исследование полноты множеств слов и языков с запретами // Вестник ТГУ. Приложение. 2004. №9(1). С. 8-12.
Евдокимов А.А., Левин А.А. Теоретическое и экспериментальное исследование рекурсивно порожденных символьных последовательностей // Вестник ТГУ. Приложение. 2007. № 23. С. 16 - 23.
Евдокимов А.А., Левин А.А. Графические модели и комбинаторика генетических и математических символьных последовательностей // Вычислительные технологии. 2002. Т. 7. С. 274 - 278.
Evdokimov A.A., Levin A.A. Subwords graphs, generated by genetic sequences // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS' 2002. V. 1, IC&G. Novosibirsk, 2002. P. 131 -133.
Математические методы для анализа последовательностей ДНК: Пер. с англ. / Под ред. М.С. Уотермена. М.: Мир, 1999.349 с.
De Bruijn N.G. A combinatorial problem // Nederl. Akad. Wetensch. Proc. 1946. V. 49. No. 7. P. 758 - 764. (Перевод см. Кибернетический сборник, новая серия, вып. 6. М.: Мир, 1969. С. 33 - 40.)
A TOOLKIT FOR GRAPHICAL ANALYSIS OF WORD CHAINS | Prikladnaya Diskretnaya Matematika - Applied Discrete Mathematics. 2008. № 1(1).
Download full-text version
Download fileCounter downloads: 669