In vitro assessment of ligninolytic and cellulolytic activities for 14 Agaricomycetes species, new to Bryansk Oblast (European Russia)
Ксилотрофные базидиальные грибы занимают уникальное место в функциональной структуре лесных экосистем, поскольку, с одной стороны, обладают обширным комплексом ферментов, участвующих в модификации и деградации лигнина, а с другой стороны, синтезируют ферменты, способные разлагать целлюлозу. В этом отношении широко известны две группы дереворазрушающих грибов - грибы бурой гнили, продуцирующие целлюлолитические ферменты, и грибы белой гнили, обладающие не только целлюлазами, но и лигнинолитическими окислительными ферментами. В настоящее время активно изучаются физиология, биохимия и генетика базидиальных грибов. Благодаря интенсивному развитию биоинформационных ресурсов анализируются транскриптомы, протеомы и секретомы высших грибов. На всех трех уровнях изучаются как биохимические механизмы деградации базидиомицетами различных древесных пород, так и выявляется спектр ферментов лигноцеллюлолитического комплекса, участвующих в этих процессах. Однако, несмотря на выявленные общие закономерности, конкретный механизм разрушения древесины определяется индивидуальными особенностями ферментных систем грибов, участвующих в этом процессе. Спрос на ферменты лигноцеллюлозного комплекса для целей биотехнологии продолжает неуклонно расти, поскольку помимо способности модифицировать сложные органические полимеры эти ферменты разлагают широкий спектр субстратов как природного, так и антропогенного происхождения. В настоящее время продолжается поиск новых биотехнологически перспективных продуцентов лигниназ и целлюлаз, обладающих высоким биодеградационным потенциалом. В данной работе представлены сведения о 14 новых для Брянской области видах ксилотрофных базидиомицетов, в том числе малоизвестных видах Conferticium ravum, Phlebia tremelloidea, Physisporinus crocatus и информация о занимаемых древесных субстратах и местообитаниях на территории государственного природного заповедника «Брянский лес», а также данные об общем распространении и находках этих видов в соседних регионах. Среди древесных субстратов для выявленных видов деревообитающих грибов отмечены основные лесообразующие породы - Betula pendula, Picea abies, Pinus sylvestris, Populus tremula, Quercus robur. Большинство культур грибов получено из базидиоспор и базидиом, собранных на древесине хвойных пород. Гербарные образцы идентифицированных видов каталогизированы и хранятся в Микологическом гербарии Ботанического института им. В. Л. Комарова РАН (LE), а штаммы грибов депонированы в Коллекции культур базидиомицетов Ботанического института им. В.Л. Комарова (LE-BIN, Санкт-Петербург, Россия). Все собранные образцы и чистые культуры изученных афиллофороидных грибов определены и верифицированы на основе как микроскопических признаков, так и молекулярно-генетических данных. Для 16 штаммов дереворазрушающих грибов дана физиолого-биохимическая характеристика, включающая оценку скорости их роста и выявление ферментативной активности методом экспресс-скрининга. Линейную скорость роста определяли путем культивирования чистых культур на стандартной среде MEA. Активность лигнинолитических и целлюлолитических ферментных комплексов регистрировали с помощью метода, широко применяемого для первичного биохимического скрининга штаммов во многих мировых коллекциях культур. Для выявления окислительной активности ферментов использовали агаризованную среду, содержащую ABTS (2,2'-азинобис 3-этилбензотиазолин-6-сульфокислота), а целлюлазную активность изучали на ага-ризованной среде с добавлением карбоксиметилцеллюлозы. Штамм LE-BIN 4006 Phlebia tremelloidea показал высокий лигнинолитический и целлюлолитический потенциал и быструю скорость роста колоний. Этот штамм может быть рекомендован для дальнейшего биотехнологического использования. Штаммы LE-BIN 4422 Emmia latemarginata и LE-BIN 3999 Phanerochaete livescens продемонстрировали высокую активность ферментов целлюлолитического комплекса, несмотря на среднюю скорость роста колоний и среднюю активность окислительных ферментов. Таким образом, на основе результатов скрининга выявлены три штамма грибов из порядка Polyporales, представляющие практический интерес для использования в биотехнологических процессах делигнификации и ремедиации. Показана значимость скрининговых исследований активных продуцентов ферментов не только среди широко распространенных таксонов, но и за счет включения редких и малоизученных видов грибов. Авторы выражают признательность заместителю директора государственного природного заповедника «Брянский лес» Елене Федоровне Ситниковой за помощь в организации полевых исследований. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.
Ключевые слова
Basidiomycota,
биоразнообразие,
целлюлазы,
ДНК-штрих-коды,
лигниназы,
чистая культура,
ксилотрофные грибыАвторы
Волобуев Сергей Викторович | Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН | канд. биол. наук, с.н.с. лаборатории систематики и географии грибов | sergvolobuev@binran.ru |
Шахова Наталия Витальевна | Ботанический институт им. В.Л. Комарова РАН | канд. биол. наук, н.с. лаборатории биохимии грибов | nshakhova@binran.ru |
Всего: 2
Ссылки
Malgas S., Mafa M.S., Mkabayi L., Pletschke B.I. A mini review of xylanolytic enzymes with regards to their synergistic interactions during hetero-xylan degradation. World J Microbiol Biotechnol. 2019;35:art.187(1-13).
Hatakka A. Lignin-modifying enzymes from selected white-rot fungi: production and role from in lignin degradation. FEMS Microbiology Reviews. 1994;13(2-3):125-135.
Behr M., El Jaziri M., Baucher M. Lignin: an innovative, complex, and highly flexible plant material/component. In: Lignin-based materials for biomedical applications. Santos HA, Figueiredo P, editors. Elsevier Publ.; 2021. pp. 35-60.
Kumar A., Chandra R. Ligninolytic enzymes and its mechanisms for degradation of lignocellulosic waste in environment. Heliyon. 2020;6(2):e03170.
Rytioja J., Hilden K., Yuzon J., Hatakka A., De Vries RP, Makela MR. Plant-polysaccharide-degrading enzymes from basidiomycetes. Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2014;78(4):614-649.
Castano J., Zhang J., Zhou M., Tsai C.F., Lee J.Y., Nicora C., Schilling J. A fungal secretome adapted for stress enabled a radical wood decay mechanism. Mbio. 2021;12(4):e02040-21.
Glazunova O.A., Moiseenko K.V., Savinova O.S., Fedorova T.V. Purification and characterization of two novel laccases from Peniophora lycii. Journal of Fungi. 2020;6(4):art.340.
Rivera-Hoyos C.M., Morales-Alvarez E.D., Poutou-Pinales R.A., Pedroza- Rodrigue A.M., Rodrlguez-Vazquez R., Delgado-Boada J.M. Fungal laccases. Fungal Biology Reviews. 2013;27(3-4):67-82.
Levasseur A., Lomascolo A., Chabrol O., Ruiz-Duenas F.J., Boukhris-Uzan E., Piumi F., Kties U., Ram A.F., Murat C., Haon M., Benoit I., Arfi Y., Chevret D., Drula E., [etc.] The genome of the white-rot fungus Pycnoporus cinnabarinus: a basidiomycete model with a versatile arsenal for lignocellulosic biomass breakdown. BMC Genomics. 2014;15:art.486.
Savinova O.S., Moiseenko K.V., Vavilova E.A., Chulkin A.M., Fedorova T.V., Tyazhelova T.V., Vasina D.V. Evolutionary relationships between the laccase genes of Polyporales: orthology-based classification of laccase isozymes and functional insight from Trametes hirsuta. Frontiers in microbiology. 2019;10:art.152.
Brijwani K., Rigdon A., Vadlani P.V. Fungal laccases: production, function, and applications in food processing. Enzyme Research. 2010;2010:article ID 149748(1-10).
Kulikova N.A., Klein O.I., Stepanova E.V., Koroleva O.V. Use of basidiomycetes in industrial waste processing and utilization technologies: fundamental and applied aspects. Applied Biochemistry and Microbiology. 2011;47(6):565-579.
Virk A.P., Sharma P., Capalash N. Use of laccase in pulp and paper industry. Biotechnol. Prog. 2012;28(1):21-32.
Kudanga T., Le Roes-Hill M. Laccase applications in biofuels production: current status and future prospects. Appl Microbiol Biotechnol. 2014;98(15):6525-6542.
Placido J., Capareda S. Ligninolytic enzymes: a biotechnological alternative for bioethanol production. Bioresour. Bioprocess. 2015;2:art.23(1-12).
Rivera-Hoyos C.M., Morales-Alvarez E.D., Poutou-Pinales R.A., Pedroza-Rodriguez A.M., Rodrlguez-Vazquez R., Delgado-Boada J.M. Fungal laccases. Fungal Biology Reviews. 2013;27(3-4):67-82.
Bernicchia A., Gorjon S.P. Corticiaceae s.l. Fungi Europaei no. 12: Alassio: Candusso Publ.; 2010. 1008 p.
Bernicchia A., Gorjon S.P. Polypores of the Mediterranean Region. Segrate: Romar Publ.; 2020. 904 p.
Ryvarden L., Melo I. Poroid fungi of Europe (2nd edition). Synopsis Fungorum 37. Oslo: Fungiflora Publ.; 2017. 431 p.
Index Fungorum. CABI Bioscience, 2022. [Electronic resource]. Avaliable at: http://www.indexfungorum.org (accessed 25.10.2022).
Shakhova N.V., Volobuev S.V. Revealing new active and biotechnologically perspective producers of oxidative and cellulolytic enzymes among pure cultures of xylotrophic Agaricomycetes from the Southern Non-Chernozem zone of the European part of Russia. Curr Res Environ Appl Mycol J Fungal Biol. 2020;10(1):113-119.
Shakhova N.V., Volobuev S.V. Culture characteristics and enzymatic activity of Sarcodontia crocea (Basidiomycota) strains collected from the Central Russian Upland. Mikologiya i fitopatologiya. 2020;54(6):446-451.
White T.J., Bruns T., Lee S., Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: PCR protocols: a guide to methods and applications, Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ, editors. New York: Academic Press; 1990. pp. 315-322.
Gardes M., Bruns T.D. ITS primers with enhanced specificity for basidiomycetes -application to the identification of mycorrhizae and rusts. Mol Ecol. 1993;2(2):113-118.
Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725-2729.
Benson D.A., Cavanaugh M., Clark K., Karsch-Mizrachi I., Lipman D.J., Ostell J., Sayers E.W. GenBank. Nucleic Acids Research. 2013;41(D1):D36-D42.
Niku-Paavola M., Raaska L., Itavaara M. Detection of white-rot fungi by a non-toxic stain. Mycol Res. 1990;94(1):27-31.
Tekere M., Mswaka A.Y., Zvauya R., Read J.S. Growth, dye degradation and ligninolytic activity studies on Zimbabwean white rot fungi. Enzym Microb Technol. 2001;28(4-5):420-426.
Dorfner R., Ferge T., Kettrup A., Zimmermann R., Yeretzian C. Real-time monitoring of 4-vinylguaiacol, guaiacol, and phenol during coffee roasting by resonant laser ionization time-of-flight mass spectrometry. J Agric Food Chem. 2003;51(19):5768-5773.
Pointing S.B. Qualitative methods for the determination of lignocellulolytic enzyme production by tropical fungi. Fungal Divers. 1999; 2:17-33.
Pritsch K., Courty P.E., Churin J.L., Cloutier-Hurteau B., Arif Ali M., Damon C., Duchemin M., Egli S., Ernst J., Fraissinet-Tachet L., Kuhar F., Legname E., Marmeisse R., Muller A., Nikolova P., Peter M., Plassard C., Richard F., Schloter M., Selosse M.A., Franc A., Garbaye J. Optimized assay and storage conditions for enzyme activity profiling of ectomycorrhizae. Mycorrhiza. 2011;21:589-600.
Volobuev S., Shakhova N. Towards the discovery of active lignocellulolytic enzyme producers: a screening study of xylotrophic macrofungi from the Central Russian Upland. Iran J Sci Technol Trans Sci. 2022;46(1):91-100.
Miettinen O., Spirin V., Niemela T. Notes on the genus Aporpium (Auriculariales, Basidiomycota), with a new species from temperate Europe. Ann. Bot. Fennici. 2012;49(5):359-368.
Volobuev S.V., Bolshakov S.Y., Kalinina L.B., Kapitonov V.I., Popov E.S., Sarkina I.S., Rebriev Y.A., Leostrin A.V, Efimova A.A., Shakhova N.V., Ezhov O.N., Isaeva L.G., Kryuchkova O.E., Zmitrovich I.V. New species for regional mycobiotas of Russia. 7. Report 2022. Mikologiya i fitopatologiya. 2022;56(6):383-392.
Hallenberg N. The Lachnocladiaceae and Coniophoraceae of North Europe. Oslo: Fungiflora Publ.; 1985. 96 p.
Volobuev S.V., Bolshakov S.Y., Khimich Y.R., Shiryaev A.G., Rebriev Y.A., Potapov K.O., Popov E.S., Kapitonov V.I., Palamarchuk M.A., Kalinina L.B., Kosolapov D.A., Stavishenko I.V., Perevedentseva L.G., Vlasenko V.A., [etc.] New species for regional mycobiotas of Russia. 6. Report 2021. Mikologiya i fitopatologiya. 2021;55(6):411-422.
Bolshakov S.Y., Potapov K.O., Ezhov O.N., Volobuev S.V., Khimich Y.R., Zmitrovich I.V. New species for regional mycobiotas of Russia. 1. Report 2016. Mikologiya i fitopatologiya. 2016;50(5):275-286.
Volobuev S.V. Afilloforoidnye griby Orlovskoy oblasti: taksonomicheskiy sostav, rasprostranenie, ekologiya [Aphyllophoroid fungi of Oryol Region: taxonomical composition, distribution, ecology]. St. Petersburg: Lan' Publ.; 2015. 304 p. In Russian.
Popov E.S., Volobuev S.V. Novye dannye o derevoobitayushchikh makromitsetakh klyuchevykh okhranyaemykh prirodnykh territoriy Yugo-Zapadnogo Nechernozem'ya [New data on wood-inhabiting macromycetes in key protected areas of the South-Western part of the Non-Chernozem zone]. Mikologiya i fitopatologiya. 2014;48(4):231-239. In Russian, English summary.
Barsukova T.N. Ksilotrofnye griby Tsentral'nochernozemnogo biosfernogo zapovednika [Xylotrophic fungi of the Central Chernozem Biosphere Reserve]. Mikologiya i fitopatologiya. 2000;34(5):1-7. In Russian, English summary.
Spirin V., Vlasak J., Rivoire B., Kout J., Kotiranta H., Miettinen O. Studies in the Ceriporia purpurea group (Polyporales, Basidiomycota), with notes on similar Ceriporia species. Cryptogamie, Mycologie. 2016;37(4):421-435.
Vyyavlenie i obsledovanie biologicheski tsennykh lesov na Severo-Zapade Evropeyskoy chasti Rossii. T. 2. Posobie po opredeleniyu vidov, ispol'zuemykh pri obsledovanii na urovne vydelov [Survey of biologically valuable forests in North-Western European Russia. Vol. 2. Identification manual of species to be used during survey at stand level]. St. Petersburg; 2009. 258 p. In Russian.
Bolshakov S.Y., Volobuev S.V., Potapov K.O., Shiryaev A.G., Shiryaeva O.S., Ezhov O.N., Rebriev Y.A., Palamarchuk M.A., Khimich Y.R., Borovichev E.A., Zmitrovich I.V. New species for regional mycobiotas of Russia. 3. Report 2018. Mikologiya i fitopatologiya. 2018;52(6):386-397.
Bondartseva M.A. 1998. Opredelitel' gribov Rossii. Poryadok afilloforovye; Vyp. 2: Semeystva al'batrellovye, aporpievye, boletopsievye, bondartsevievye, ganodermovye, kortitsievye (vidy s poroobraznym gimenoforom), lakhnokladievye (vidy s trubchatym gimenoforom), poliporovye (rody s trubchatym gimenoforom), porievye, rigidoporovye, feolovye, fistulinovye.... St. Petersburg: Nauka Publ.; 1998. 391 p. In Russian.
Volobuev S., Okun M., Ordynets A., Spirin V. The Phanerochaete sordida group (Polyporales, Basidiomycota) in temperate Eurasia, with a note on Phanerochaete pallida. Mycol Progress. 2015;14(10):art.80(1-13).
Zmitrovich I.V, Ezhov O.N. Ecology and plectology of Phlebia tremelloidea (Polyporales, Agaricomycetes). Acta Mycol. 2011;46(1):19-25.
Eriksson J., Ryvarden L. The Corticiaceae of North Europe. Vol. 4: Hyphodermella -Mycoacia. Oslo: Fungiflora Publ.; 1976. Pp. 549-886.
Jaczewski A. IV serie de materiaux pour la flore mycologique du Gouvernement de Smolensk. Bulletin de la Societe Imperiale des Naturalistes de Moscou. Nouvelle serie. 1898;11(3):421-436.